PNA 是由 2 -氨乙基-甘氨酸鍵組成肽 ( 聚酰胺 )的骨架替代了普通核酸中核糖磷酸二酯鍵的骨架而構(gòu)成的。 PNA 以 Watson 2 Crick 堿基配對(duì)原則識(shí)別互補(bǔ)的 DNA 和 RNA 靶序列并形成螺旋結(jié)構(gòu) , 第二個(gè) PNA 分子能與 PNA - DNA ( 或 RNA) 雙螺旋以Hoogsteen 堿基配對(duì)方式形成 PNA - DNA( 或 RNA) -PNA 三螺旋結(jié)構(gòu)。 PNA 是不帶電荷的中性非手性分子 , 所以 PNA -DNA( 或 RNA) 雜交形成的雙螺旋結(jié)構(gòu)非常穩(wěn)定。此外 ,PNA 與 DNA( 或 RNA) 雜交的親和力強(qiáng) , 專(zhuān)一性高 , 其中 PNA - RNA 中的 RNA不被 RNase H 降解。

PNA 不易被蛋白酶或核酸酶降解 , 使 PNA 在血清及細(xì)胞提取物中的穩(wěn)定性提高。研究表明 ,PNA 在體內(nèi)和體外的壽命都相當(dāng)長(zhǎng) , 而且在很寬的pH 范圍內(nèi)都相當(dāng)穩(wěn)定。某些蛋白質(zhì)與 DNA 或RNA 有親和力 , 與它們發(fā)生相互作用 , 而 PNA 幾乎不與這些蛋白質(zhì)作用 , 從而提高了 PNA 在細(xì)胞內(nèi)選擇性結(jié)合靶序列的能力。